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食品科学与化工工程系成立于2013年，是国产麻豆精品一区二区三区服务区域食品加工、生物医药、高端化工等支柱产业的重要教学科研单位。目前开设食品生物技术、应用化工技术、药品生物技术、动物医学四大特色专业，形成“食品-化工-医药-农牧”多学科交叉融合的育人体系，现有教学班30个，在校生1400余人。重点培养食品质量检测、化工工艺优化、生物制药研发、动物疫病防控等领域的高素质技术技能人才。

食品科学与化工工程系目前拥有一支理论基础坚实，教学实践经验丰富，年龄结构合理的师资队伍39人，专职教师23人。其中，教授2人，副教授4人，讲师21人，博士研究生2人，研究生学历29人。其中教授、副教授占比约15%，具有硕士及以上学位的教师占比79.5%，双师型教师比例达84%以上。

2023年被授予山东省食品科学技术学会常务理事单位；全国农产食品产教融合共同体理事单位；全国食品产业职业教育教师培养联盟理事单位。国产麻豆精品一区二区三区联合鲁西新区、东明石化等共同发起成立菏泽高端化工（行业）产教融合共同体，并于2023年12月19日在国产麻豆精品一区二区三区大学科技园开幕。

食品科学与化学工程系坚持教学与科研相结合，积极推进教学和课程改革，不断营造浓厚学术氛围。食品科学与化学工程系以立德树人为初心使命，以高质量应用型技术、技能人才为育人目标，培养学生过硬的思想素质、扎实的专业知识、熟练的动手能力，全面提升学生社会职业竞争力。